Fakultas Seni Media Rekam (FSMR) ISI Yogyakarta mempunyai 4 (empat) Sub Bagian yaitu :

1. Sub Bagian Akademik
2. Sub Bagian Kemahasiswaan
3. Sub Bagian Keuangan dan Kepegawaian
4. Sub Bagian Umum dan Perlengkapan